食用菌的代料栽培工艺中，一个关键技术环节是对培养料进行灭菌处理，没有这个环节单一的人为菌种是不可能正常生长的。竞争性杂菌和其他微生物的生长会抑制食用菌生长。由于灭菌不彻底，引起的杂菌和其他微生物也会与所培养的食用菌争夺营养，影响食用菌产量。杂菌还影响食用菌生产的美感，因此追求食用菌生产无杂菌是所有生产人员的希望。
① 杂菌的概念：
食用菌栽培中，人为栽培物种以外的其他物种的微生物及真菌都是杂菌。对应于植物栽培中的杂草。食用菌生产过程中极易受杂菌的危害，给生产带来了严重的影响。常见的杂菌包括细菌、曲霉、青霉、木霉、毛霉、根霉、链孢霉等。
② 杂菌产生原理
杂菌是指食用菌栽培中生长的非栽培种类的菌类及其它微生物。任何微生物都有自己适合的生存环境，在不同培养基和不同的环境下，有不同的微生物产生。不同环境产生不同的微生物。
③ 灭菌工艺理论
食用菌必须经过灭菌过程。教科书（包括百度）中对灭菌的名词解释是：用理化方法杀死一定物质中的微生物的微生物学基本技术。灭菌的彻底程度受灭菌时间与灭菌剂强度制约。微生物对灭菌剂的抵抗力取决于原始存在的群体密度、菌种或环境赋予菌种的抵抗力。灭菌是获得纯培养的必要条件，不仅是食用菌栽培中必须的技术，也是食品工业和医药领域中必需的技术。
将培养基、发酵设备或其他目标物中所有微生物的营养细胞及其芽胞（或孢子）杀灭或去除，从而达到无菌的过程。灭菌常用的方法有化学试剂灭菌、射线灭菌、干热灭菌、湿热灭菌和过滤除菌等。可根据不同的需求，采用不同的方法，如培养基灭菌一般采用湿热灭菌，空气则采用过滤除菌。
④ 食用菌栽培中的灭菌
堆肥发酵，高温高压和常压灭菌是最常用、最好的方法。堆肥发酵主要用于蘑菇、平菇、鸡腿菇的栽培。其他食用菌基本需要高温湿热灭菌。常压蒸气灭菌是100℃、高压灭菌其蒸汽温度可达121℃，能将耐热的芽孢全部杀死。高压灭菌的理论时间是30分钟就可以了，但是在实际操作中常压往往需要4h，常压100℃理论时间4h，实际12h以上。
