① 原材料浪费大，能耗高：一只装量为3000袋（17x33）的常压灭菌灶，灭菌一锅，需要煤炭为350公斤；或者每一公斤木屑的培养料需要同样量的木材去灭菌，因此有生产食用菌是破坏森林一说。
② 用工多，劳动强度大，由自然温度20℃起火，到100℃需要6h，保持100℃、12h，用工2个，时间生产中需要多6h。
③ 原材料在高温或高压下，营养损失严重，会对培养基内某些糖或有机含氮化合物破坏。菇体组织松软，口感差，这也是食用菌产量、品质不高的原因。
④ 灭菌越彻底，对灭菌后接种的操作要求越严格。
对于一般的农户，一锅培养料往往需要24h以上的灭菌时间，费时、费力、费工、费能源。
